Su terreni siti nelle vicinanze di Porta Vercellina che il conte Gaspare Vimercati, comandante delle milizie ducali e uomo di fiducia di Francesco Sforza, aveva donato ai frati domenicani, sorse, a partire dal 1463, il convento di S. Domenico, poi intitolato a

S. Maria delle Grazie.

Le prime fasi dell'edificazione del complesso conventuale, dirette da Guiniforte Solari, videro in particolare la costruzione del Chiostro dei Morti, attiguo alla chiesa, in particolare in corrispondenza dell'antica Cappella delle Grazie. Il chiostro fu distrutto dai bombardamenti anglo americani del 1943 e ricostruito nel corso del secondo dopoguerra.

Il lato sud del chiostro è occupato nella sua interezza dal refettorio, mentre sugli altri lati, oltre alla già citata Cappella delle Grazie, trovano affaccio la biblioteca, il Locutorio ed il Capitolo.